Las fosas clandestinas han proliferado en México durante las últimas dos décadas, afectando diversas regiones del país. Un informe titulado 'Trazar la ausencia, caminar la esperanza.
Análisis de hallazgos de fosas clandestinas en México 2006-2024', elaborado por el Programa de Derechos Humanos de la Universidad Iberoamericana Ciudad de México, vincula este fenómeno con el aumento de desapariciones, disputas criminales y labores de búsqueda realizadas por colectivos de familias.
El estudio documentó el fenómeno a partir de registros de fiscalías, notas periodísticas y entrevistas con familias buscadoras, organizaciones civiles y especialistas. Advierte que México carece de un registro único, completo y homologado de fosas clandestinas.

Las fuentes periodísticas documentaron entre 3 mil 516 y 4 mil 71 fosas, mientras que las fiscalías informaron de 5 mil 152 registros, cifras que no pueden sumarse ni considerarse equivalentes debido a diferencias metodológicas, omisiones y categorías utilizadas.
Durante el gobierno de Felipe Calderón, entre 2006 y 2012, Coahuila presentó la tasa más alta de hallazgos, con dos fosas por cada 100 mil habitantes, seguido por otras entidades del norte del país. En ese periodo, los registros periodísticos mostraron una mayor concentración de estos sitios en la región septentrional.

Entre 2013 y 2018, durante el gobierno de Enrique Peña Nieto, Guerrero registró la tasa más elevada, con seis hallazgos por cada 100 mil habitantes. Veracruz y Zacatecas ocuparon los siguientes lugares, con tres por cada 100 mil habitantes, reflejando un desplazamiento de los principales registros hacia entidades del centro y sur.
Para el periodo 2019-2024, durante el gobierno de Andrés Manuel López Obrador, Colima alcanzó una tasa de 30 hallazgos por cada 100 mil habitantes, seguida por Sonora, con 12, y Baja California Sur, con seis. La distribución relativa se concentró entonces en entidades del occidente y noroeste del país.
El contraste entre las fuentes oficiales y periodísticas es particularmente marcado en Guerrero y Guanajuato. La prensa documentó 416 fosas en Guerrero durante los tres periodos analizados, mientras que las fiscalías reportaron cero en cada uno de ellos.

En Guanajuato, los registros periodísticos contabilizaron 283 fosas entre 2019 y 2024, mientras que las autoridades no informaron ninguna durante ese mismo intervalo. La distribución territorial también cambió con el paso de los años.
Entre 2006 y 2012, los registros periodísticos se concentraron principalmente en el norte; de 2013 a 2018 destacaron Veracruz, Guerrero y Jalis
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